Ulan Bator ha occupato diversi siti nella sua storia e ha avuto anche diversi nomi. Fu nota dalla fondazione nel 1630 al 1706 come Örgöö (mongolo: Өргөө, Ôrgôô residenza) e dal 1706 al 1911 come Ikh Khüree (Ih Hùrėė), Da Khüree o semplicemente Khüree (mongolo: Их = “grande”, Хүрээ = “accampamento”), mentre il suo nome cinese era Kulun (庫倫, 库伦, Kùlún). In Europa e nei paesi di lingua inglese fino al 1924 era nota come Urga (dalla forma russa di Ôrgôô) o talvolta Kuren.
Era la città santa dei Mongoli, in quanto residenza del Buddha vivente. Terzo in ordine di venerazione tra il clero. Viveva in un palazzo a sud della città. Inoltre, era sede dell’Amram. Ssupremo funzionario imperiale della Dinastia Qingin Mongolia. Controllava tutti gli affari temporali e in particolare controllava il commercio della città di frontiera di Kyakhta con la Russia. Infatti la città prosperò a metà del XIX secolo. Questo come centro commerciale sulla via del tè tra la Russia e la Cina.
Nel 1904 all’epoca della spedizione britannica in Tibet il 13° Dalai lama lasciò la sua capital Lhasa. Si rifugiò a Ikh Khüree come allora era nota. Rimase fino al 1908 rifiutandosi di entrare in contatto con il Khan Bogd del tempo. Era descritto come un “prodigo ubriacone”.
Quando in Cina cadde la dinastia manciù, nel 1911, e fu instaurata la repubblica, la Mongolia dichiarò l’indipendenza il 29 dicembre e il nome della città fu modificato in Niislel Khüree (Mongolo: Нийслэл, Nijslėl “capitale”). Nel 1924 la città divenne la capitale della nuova Repubblica Popolare e il suo nome fu mutato in Ulaanbaatar (“eroe rosso”), in onore dell’eroe nazionale della Mongolia Damdin, i cui soldati avevano liberato la Mongolia dall’occupazione cinese e dalle truppe russe combattendo a fianco dell’Armato rossa sovietica. La sua statua si erge ancor oggi nella piazza principale della città. In occidente la città divenne nota come Ulan Bator (dal russo Улан-Батор). Nel centro della città si trovava, inoltre, la statua di Lenin, che è stata abbattuta il 14 ottobre 2012.